Akkor ez azt jelenti, hogy uC esetén a számláló(k) órajelének legalább 2MHz-nek (de inkább jóval többnek kellene lennie. Végülis nem lehetetlen, anno a 8253 is tudott ennyit.
Arra számitanod kell, hogy számottevő késleltetéssel fogja csak követni...

Ha nekem kellene csinálni, az ST processzorai közül választanék, sz STM8S103F3 vagy STM8S103K3, ezek filléres processzorok. Ezeknek az TIM1-ese támogatja a pwm visszamérését, a TIM2-vel meg lehetne képezni a kimenő pwm jelet. A processzor és perifériái 16MHz-en mehetnek, a belső oszcillátora is ennyivel megy.
Az átfogás alsó tartománya fog gondot okozni, mert a 100Hz már nem fér bele a 16 bites számábrázolásba. Vagy a jel frekvenciájától függően változtatod a leosztást, vagy 4MHz-re leosztod a timer-ek órajelét. Az 1%-os pontosság még elvileg így is meglenne.
Érdemes lehet az utolsó kettő visszamért pwm kitöltés és frekvencia átlagát képezni. Szerintem nem lesz lassú a követés, a mért változás a következő periódusban érvényre juttatható. Ha a frekvencia és a kitöltés változásának meredeksége tudható, akkor esetleg lehet lassítani, szűrni a változást, az esetleges hibás mérések okozta jitterek elkerülése érdekében.

Köszönöm a válaszokat!
Így már el tudok indulni a tervezésben.